土地売却の税金はいつ支払う？納税時の注意点や節税対策もやさしく解説

所有している土地を売却したいものの、「税金はいつ払うのか」「いくらくらい払うのか」を心配している方もいるでしょう。

土地の売却で税金を支払うタイミングは、大きく分けると「契約時」「決済時」「売却の翌年」の3回あります。この中で特に重要なのは、売却の翌年に支払うことになる「譲渡所得税」で、最も高額になるおそれがあります。

ただし、譲渡所得税には国の特例制度が設けられているため、これを有効に活用することによって節税対策ができます。

土地売却で発生する税金の「支払い時期」と「金額の目安」をわかりやすく解説し、納税時の注意点や節税対策についても紹介します。

【最短45秒】土地売却後の手取り額は？

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土地売却の税金は「いつ払う？」支払いタイミング別の全体像

土地を売却する際、税金はいつ支払うことになるのでしょうか。土地売却に伴う税金と支払うタイミングについて、以下の表にまとめました。

この中で金額が最も大きくなるのが、売却の翌年に支払うことになる「譲渡所得税」です。そこで、まずは「譲渡所得税」について詳しく解説します。

最重要！土地売却の「譲渡所得税」とは？

まず、土地を売却したことによって生じた利益は、譲渡所得と呼ばれます。この譲渡所得に対して、譲渡所得税（所得税＋住民税＋復興特別所得税）が課税されます。

名前が似ているので混同しやすいですが、「譲渡所得」は給与所得などと同じ所得の種類のことを指し、実際に支払う税金は譲渡所得に対して課される「譲渡所得税」です。

譲渡所得税は「土地売却の利益（儲け）」にかかる税金

譲渡所得は、売却による収入から必要な経費を差し引いた利益のことです。このため、土地売却の譲渡所得税は、「土地の売却価格」に対してかかるのではなく、「売却によって出た利益（譲渡所得）」に対してかかります。

例えば、所有する土地が5,000万円で売れた場合、土地を買ったときに5,000万円かかったのであれば、利益はゼロとなるため譲渡所得税はかかりません。

また、譲渡所得税を支払うタイミングは、所得税と住民税で異なります。所得税は、土地を売却した翌年の2月16日から3月15日の間に確定申告をして納付します。一方、住民税は5月以降に市区町村から送付される納付書にもとづいて納付します。

譲渡所得税の計算式【3ステップ】

譲渡所得税の計算は他の所得と合計することなく、譲渡所得に対し一定の税率を適用して、所得税と住民税を算出します。なお、2037年までは復興特別所得税（所得税×2.1％）が上乗せされます。

ステップ1：譲渡所得（利益）を計算する

譲渡所得は、次の計算式にもとづいて算出します。

土地売却における譲渡所得の収入は、基本的に「土地の売却価格」です。この売却価格から必要経費として土地の取得費用や譲渡に要した費用を差し引いて、売却益を算出します。

また、土地がマイホームの敷地など居住用財産の譲渡に該当する場合は、各種の特別控除が活用できます。一定の要件を満たすことで売却益から一定額を控除できるため、課税される譲渡所得税の金額を抑えられます。

ステップ2：所有期間を確認する（短期か長期か）

譲渡所得は土地や建物の所有期間が5年以下か、5年を超えるかによって、「短期譲渡所得」と「長期譲渡所得」に区分されます。

税務上の所有期間なので、土地を購入した日から「売却した年の1月1日時点」で何年が経過しているかで計算します。実際の所有期間とは異なりますので、注意してください。

例えば、2020年12月30日に購入した土地を2025年12月31日に売却した場合、カレンダー上は5年を超えていますが、税務上は長期譲渡所得扱いにはなりません。この場合、2026年1月1日以後に売却すると所有期間が5年を超えたことになり、長期譲渡所得となります。

譲渡所得税は、短期譲渡所得か長期譲渡所得かによって、次のように計算で適用する税率が異なります。

参考：東京都「土地・ 建物等の譲渡に係る 所得税（ 国税）・ 住民税（ 地方税）」

このように所有期間が5年を超えると税率が大きく下がるため、土地を売却するときは所有期間を正しく把握することが節税につながります。

ステップ3：税額を計算する

譲渡所得税の税額は、次の計算式にもとづいて算出します。

土地売却の譲渡所得の税率は、所得税と住民税を合わせると、短期譲渡所得は39.63%、長期譲渡所得は20.315%です。

なお、マイホームの敷地など所有期間が10年を超える居住用財産の譲渡に該当する場合は、長期譲渡所得の税率を軽減する特例が設けられています。

節税の鍵！「取得費」と「譲渡費用」に含められるもの

土地の譲渡所得を計算するときは、売却時に必要な経費として認められている取得費と譲渡費用を差し引けます。まずは、必要経費を「漏れなく計上する」ことが節税の第一歩となります。

取得費とは

取得費とは、売却した土地の取得に要した費用のことです。取得費には土地の購入代金、購入時の仲介手数料、登記費用（登録免許税や司法書士への報酬）、不動産取得税、売買契約書に貼付した印紙代などが含まれます。

取得費がわからないときや実際の取得費が売却価格の5%よりも少ないときは、売却価格の5%を取得費（「概算取得費」）として計算します。

また、購入時の売買契約書を紛失している場合、契約書の代わりとなる資料で取得費を証明できなければ、概算取得費で計算されます。その結果、取得費が実際かかった費用よりも小さくなり、税額が高くなるリスクがあるため注意が必要です。

譲渡費用とは

譲渡費用とは、土地を売却するために直接要した費用を指します。譲渡費用には、売却時の仲介手数料、売買契約書に貼付した印紙代、測量費、建物を取り壊したときの解体費用などが含まれます。

【節税】あなたの状況で使える！譲渡所得税の特例

居住用財産の譲渡など一定の売却のケースでは、必要な要件を満たすことで、譲渡所得税に関するさまざまな特例を利用することが可能です。譲渡所得税の節税に役立つ制度について、詳しく解説します。

居住用財産の譲渡とは

まず、多くの特例で適用条件に設定されている「居住用財産の譲渡」について理解しておく必要があります。土地の売却においては、次のケースが居住用財産の譲渡に該当します。

なお、以下の特例の説明では、上記のケースをまとめて「マイホームの売却」としています。

【自宅（マイホーム）の土地】を売って利益が出た場合

マイホームの売却によって利益が出た場合、一定の要件を満たせば、「居住用財産の譲渡所得の3,000万円特別控除」「居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の軽減税率の特例」「特定の居住用財産の買換えの場合の長期譲渡所得の課税の特例」の適用を受けられます。

なお、以下で紹介する特例の適用を受けるには確定申告が必要です。

居住用財産の譲渡所得の3,000万円特別控除

マイホームを売却した場合、一定の要件を満たすと、譲渡所得税の計算において譲渡所得から最大3,000万円の特別控除を適用できます。この特例は、所有期間の長さにかかわらず適用できます。

参考：国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」

居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の軽減税率の特例

売却したマイホームの所有期間が10年を超える場合、一定の要件を満たすときは、上記の3,000万円特別控除を適用後、譲渡所得に対して以下の税率が適用されます。

所有期間が10年を超えるマイホームを売却し、条件を満たせば、長期譲渡所得額が6,000万円以下の部分については14.21％という軽減税率が適用されます。6,000万円を超えた場合は、6,000万円まで軽減税率が適用され、残りの金額には通常の長期譲渡所得税率（20.315％）が適用されます。

参考：国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」

特定の居住用財産の買換えの場合の長期譲渡所得の課税の特例

この特例は所有期間が10年を超え、居住期間（実際に入居してから転居するまでの期間）も10年以上であるマイホーム（旧居宅）を売却した場合が対象です。売却年の前年1月1日から翌年12月31日までに買い替える場合など、一定の要件を満たす必要があります。

買い替えたマイホーム（新居宅）の購入価格が売却価格より高い場合、本来であれば差額が譲渡所得として課税されます。しかし、この特例を利用することで売却した年は譲渡所得税がかかりません。これは、旧居宅を売却したときの税金が免除されるのではなく、新居宅を将来売却するときまで課税が繰り延べられるからです。

なお、この特例は2025年12月31日までの譲渡に適用され、「居住用財産の譲渡所得の3,000万円特別控除」や「居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の軽減税率の特例」と併用はできません。

一方、売却価格のほうが新居宅の購入価格より高かった場合は、その差額が収入となるため譲渡所得が課税されます。

参考：国税庁「No.3358 売った金額より少ない金額でマイホームを買い換えたとき」「No.3355 特定のマイホームを買い換えたときの特例」

【自宅（マイホーム）の土地】を売って赤字（損失）が生じた場合

所有期間が5年を超えるマイホームの売却または買換えにあたって赤字（損失）が生じた場合、一定の要件を満たすときは、「居住用財産の買換えの場合の譲渡損失の損益通算および繰り越し控除の特例」「特定の居住用財産の譲渡損失の損益通算および繰り越し控除の特例」の適用を受けられます。

これらの特例を活用すると、損益通算として売却損をその年の他の所得から差し引くことができます。損失をその年だけでは控除しきれなかった場合は、繰越控除として翌年以降3年間にわたって毎年の所得から差し引くことも可能です。

なお、これらの特例は2025年12月31日までの譲渡に適用され、適用を受けるためには確定申告が必要です。

参考：国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき(マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例)」

居住用財産の買換えの場合の譲渡損失の損益通算および繰り越し控除の特例

マイホーム（旧居宅）を売却し、売却年の前年1月1日から翌年12月31日までの間に、住宅ローンを利用して新たにマイホーム（新居宅）を取得した場合に対象となる特例です。

新たなマイホームの購入で10年以上の住宅ローンを利用していることが条件であり、譲渡した旧居宅の住宅ローンについては特に条件は明記されていません。そのため、旧居宅のローンを完済、もしくは残債があっても利用は可能です。

参考：国税庁「No.3370 マイホームを買い換えた場合に譲渡損失が生じたとき」

特定の居住用財産の譲渡損失の損益通算および繰り越し控除の特例

住宅ローンが残っているマイホームを、住宅ローンの残高を下回る価格で売却して損失が生じた場合、一定の要件を満たせば、その損失は他の所得と損益通算できます。また、損益通算後も控除しきれない損失がある場合は、翌年以後3年間にわたり繰越控除の適用を受けられます。

この特例は、マイホームの買換えをしない場合でも適用を受けられますが、控除額は売却したマイホームの住宅ローンの残高から売却価格を差し引いた額が上限となります。

参考：国税庁「No.3392 「特定のマイホームの譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」の対象となる「譲渡資産」及び「特定譲渡」とは」

【相続した土地】を売った場合

相続した土地を売った場合、適用条件を満たせば、「相続税の取得費加算の特例」または「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除」を受けられます。

相続税の取得費加算の特例

相続した土地は、相続開始日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年以内に売却した場合は、支払った相続税のうち、土地に課税される相続税額を取得費に加算できます。

参考：国税庁「No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除

相続によって取得した空き家（家屋とその敷地）を売却した際に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例です。特例を受けるためには、主に以下の要件を満たす必要があります。

本特例による譲渡所得からの控除額は、原則として最大3,000万円です。ただし、相続人の数が3人以上いる場合は各相続人の控除額は2,000万円となります。

なお、この特例は2027年12月31日までの譲渡に適用され、適用を受けるためには確定申告が必須です。

参考：国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」

【その他の土地（更地・駐車場など）】を売った場合

その他の土地（更地・駐車場など）を売った場合、一定の要件を満たすときは、「低未利用土地の100万円特別控除」の適用を受けられます。

低未利用土地の長期譲渡所得の100万円特別控除

都市計画区域内にある「低未利用土地（利用頻度が著しく低い土地）」を売却する場合、以下の条件を満たせば長期譲渡所得から100万円の控除を受けられます。

なお、この特例の適用期限は2025年12月31日までです。

参考：国税庁「No.3226 低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」

契約時・決済時に支払うその他の税金

譲渡所得税のほかには、売買契約時に印紙税を、決済・引渡し時には登録免許税と消費税をそれぞれ支払います。税率が軽減されるものもあるため、詳しく見ていきましょう。

印紙税（契約時）

印紙税は、売買契約書に規定の印紙を貼付して消印することにより納付します。

印紙税の税額は、売買契約書に記載された契約金額（売買金額）に応じて次の表のとおり決まっています。なお、2027年3月31日までに作成される土地の売買契約書のうち、記載金額が10万円を超えるものについては、税率が軽減されています。

参考：国税庁「No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」

登録免許税（決済・引渡時）

住宅ローンの借入で売却する土地に抵当権が設定されている場合、売却する際は住宅ローンを完済して抵当権を抹消する必要があります。この抵当権抹消登記には、土地1筆につき1,000円の登録免許税がかかります。

なお、土地の所有権移転登記にかかる登録免許税は、通常は買主の負担となっています。

消費税（決済・引渡時）

土地の売却代金そのものは非課税取引のため、消費税はかかりません。一方、土地の売買を不動産会社に依頼すると仲介手数料がかかり、抵当権抹消登記を司法書士に依頼した場合は報酬に対しても消費税がかかります。

まとめ：税金計算は複雑！まずは「いくらで売れるか」の査定から

土地売却にかかる税金の「支払いタイミング」や「計算方法」、そして重要な「節税対策」について解説しました。

譲渡所得税の計算に必要な「取得費（買った時の費用）」の算出や、各種特例の適用要件は非常に複雑です。自己判断で進めると、確定申告でミスをして追徴課税を受けたり、使えるはずの控除が利用できなかったりして、数百万円の損失が出るおそれがあります。

だからこそ、土地の売却では一人で悩まずに専門家の力を借りることが重要です。

節税対策の第一歩は、正確な「譲渡所得（売却で得た利益）」を予測することです。 そして、利益を計算するには、何よりもまず「あなたの土地がいくらで売れるのか」がわからなければ始まりません。

まずは、不動産の一括査定サイトを利用して、複数の不動産会社に「売却価格」の査定を依頼することから始めましょう。リビンマッチでは、物件情報とお客様情報を入力するだけで最大6社に依頼できます。

査定を依頼する際は単に金額を聞くだけでなく、「売却後の税金が心配だ」「手取り額を試算してほしい」など、不安なことを相談することもできます。税務知識が豊富な担当者や、提携する税理士を紹介してくれる不動産会社が見つかれば、売却から納税まで安心して任せられます。

まずは「今の価値」を知り、信頼できるパートナーを見つけることが、賢く土地を手放すための最短ルートです。

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